Dal greco ἀρχαῖος (archaíos →antico, arcaico) e ἔντερον (énteron →intestino). La prima cavità, comunicante con l’esterno, (detta anche intestino primitivo) che si forma in conseguenza della gastrulazione: per effetto di spostamenti e variazioni di forma delle cellule, i territori dell’ectoderma e dell’endoderma si invaginano creando una rientranza sacciforme con una apertura chiamata blastoporo. Se dal blastoporo – si svilupperà l’ano, l’animale viene incluso tra i deuterostomi (Mammiferi, Rettili, Uccelli), se invece darà origine alla bocca, si parlerà di animali protostomi (Artropodi, Molluschi).

Dal tetto dell’archenteron, nei vertebrati, hanno origine la corda dorsale (notocorda) e il mesoderma; dal pavimento e dalle pareti laterali, la parte epiteliale dell’intestino e i suoi derivati.